公安机关出入境管理机构在签发电子普通护照的过程中采取了加密等保护措施，确保电子芯片存储的指纹信息仅限于电子普通护照签发机关和出入境边防检查机关在出入境管理时读取、核验和使用。电子普通护照签发机关、出入境边防检查机关及其工作人员对在出入境管理工作中知悉的公民个人信息应当予以保密。